مدرسه عالی شهید مطهری که یکی از مؤسسات آموزش عالی کشور است بنای آن توسط میرزاحسین خان سپهسالاردرسال 1296 هجری قمری براساس نهاد وقف بنیان شد. بعداز پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی با انتصاب آیت الله امامی کاشانی به عنوان تولیت مدرسه عالی ازسوی امام خمینی (ره) فعالیت آموزشی خود را ازسال 1361 با پذیرش دانشجو مجدداً آغاز نمود وپس ازآن با ابتکار آیت الله امامی کاشانی رشته علوم و معارف اسلامی که پیوندی میان علوم انسانی و دروس حوزوی است درسال 1362 بنا گذاشته شد.

اداره کل مدارس علوم و معارف اسلامی شهید مطهری که زیر مجموعه مدرسه عالی شهید مطهری تهران می باشد، نخستین متولی رشته علوم و معارف اسلامی پس از انقلاب اسلامی است که سهم به سزایی دررشد واعتلاء فرهنگ اسلامی کشور داشته است.

این دفتر افتخار دارد که درطول عمر32 ساله خود بیش از10000 فارغ التحصیل موفق به جامعه حوزوی ودانشگاهی تقدیم کرده و با نگاهی کیفیت محور به جذب و آموزش و تربیت دانش آموزان خود می پردازد.

مدیریت این اداره کل هم اکنون حجت الاسلام والمسلمین دکتر سید سعید سیدحسینی می باشند.