مدرسه‌عالی شهید مطهری که یکی از مؤسسات آموزش عالی کشور است بنای آن توسط میرزا حسین‌خان سپهسالار در سال ۱۲۹۶ هجری قمری بر اساس نهاد وقف بنیان شد. بعد از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی با انتصاب آیت‌الله امامی کاشانی به‌عنوان تولیت مدرسه‌عالی از سوی امام خمینی (ره) فعالیت آموزشی خود را از سال ۱۳۶۱ با پذیرش دانشجو مجدداً آغاز نمود و پس‌ازآن با ابتکار آیت‌الله امامی کاشانی رشته علوم و معارف اسلامی که پیوندی میان علوم انسانی و دروس حوزوی است در سال ۱۳۶۲ بنا گذاشته شد.

اداره کل مدارس علوم و معارف اسلامی شهید مطهری که زیرمجموعه مدرسه‌عالی شهید مطهری تهران می‌باشد، نخستین متولی رشته علوم و معارف اسلامی پس از انقلاب اسلامی است که سهم به سزایی در رشد و اعتلای فرهنگ اسلامی کشور داشته است.

این دفتر افتخار دارد که در طول عمر ۳۲ ساله خود بیش از ۱۰۰۰۰ فارغ‌التحصیل موفق به جامعه حوزوی و دانشگاهی تقدیم کرده و با نگاهی کیفیت محور به جذب و آموزش و تربیت دانش آموزان خود می‌پردازد.

مدیریت این اداره کل هم‌اکنون حجت‌الاسلام‌والمسلمین دکتر سیدسعید سیدحسینی می‌باشند.