تاریخچه
پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی به رهبری بزرگ‌مرد تاریخ، امام خمینی (ره) و حاکمیت تفکر دینی در اداره جامعه، نیاز به نیروی انسانی متعهد، متدین و کارآمد در تمامی عرصه‌های فرهنگی، علمی و اجتماعی مشاهده گردید. تربیت چنین نیروهایی، تنها از فضاهای آموزشی برخاسته از متن انقلاب میسر و ممکن می‌نمود؛ لذا مدرسه عالی شهید مطهری که به تولیت آیت‌الله امامی کاشانی، بعد از انقلاب به مرکز گسترش و ترویج تفکر اسلام ناب محمدی در میان جوانان تبدیل گشته بود، بنا بر ضرورت اصل تربیت در سنین نوجوانی، پیشنهاد تأسیس رشته علوم و معارف اسلامی را در سطح دوره متوسطه به آموزش‌وپرورش ارائه نمود تا از این طریق تأثیر تحولات فکری و فرهنگی انقلابی و اسلامی را به درون نظام آموزش‌وپرورش وارد نماید.
بر همین اساس، شورای عالی آموزش و پرورش در سیصد و چهل و دومین جلسه خود در تاریخ ۶۳/۳/۹ اساسنامه رشته علوم و معارف اسلامی را به تصویب رساند و به مدرسه عالی شهید مطهری ابلاغ نمود. مدرسه عالی شهید مطهری در سال ۱۳۶۴ اولین دبیرستان خود را در تهران و مشهد تأسیس کرد و به مرور به گسترش این دبیرستان‌ها در شهرهای مختلف اقدام نمود.
در طول سال‌های متمادی، مدرسه عالی شهید مطهری سعی نموده همواره با تغییرات نظام آموزش و پرورش، تغییرات لازم را در برنامه‌های خود و برنامه‌های رشته به وجود آورد تا آنجا که شورای عالی آموزش و پرورش در سال ۱۳۷۴ با توجه به آثار و برکات و استقبال خانواده‌ها و دانش آموزان، رشته علوم و معارف اسلامی را به عنوان رشته‌ای مستقل در شاخه نظری دوره متوسطه در کنار رشته‌های ریاضی، تجربی و انسانی به رسمیت شناخت.
با توجه به تحولات فرهنگی و اجتماعی، سیاست‌گذاران مدرسه عالی شهید مطهری سعی نموده‌اند رشته علوم و معارف اسلامی را به گونه‌ای مدیریت نمایند تا مدارس معارف به محیطی سالم، معنوی و علمی تبدیل گردد تا در سایه پربرکت آموزش معارف دینی ضمن ارائه آموزش‌های عمومی، دانش آموزان به گونه‌ای تربیت شوند که با درک نیازهای اجتماعی و دینی و انقلابی، وظیفه سنگین و خطیر تبلیغ حکیمانه دین را به دوش گیرند.
اکنون بعد از گذشت بیش از سه دهه، می توان رشته علوم و معارف اسلامی را به عنوان یکی از دستاوردهای فرهنگی انقلاب اسلامی به شمار آورد که ضمن ایجاد پیوند عمیق میان تحصیلات متوسطه و علوم دینی، فرصتی برای تعلیم و تربیت الهی دانش آموزان را فراهم نموده است تا آنان با گذراندن مواد درسی تخصصی این رشته آمادگی ادامه تحصیل در حوزه های علمیه و رشته های علوم انسانی دانشگاه ها را پیدا نمایند.
این افتخارات و آثار موجب گردید تا این رشته بارها و بارها مورد لطف و حمایت مقام معظم رهبری قرار بگیرد به گونه‌ای که معظمٌ له در تاریخ ۶۸/۱۲/۲۷ در دیدار مسئولان مدارس علوم و معارف اسلامی شهید مطهری فرمودند:
«به نظر بنده تأسیس این مدرسه به حمد الله یکی از ابتکارات بسیار خوب و خیلی مفید و راهگشا بوده است و ان‌شاءالله ادامه پیدا کند»